在线数据库SRMAP寻找m6A单碱基位点网址:数据库(),将刚才拿到的SOCS3序列复制到右侧Mature mRNA mode中输入框中,二级结构为可选项我们这边选择了Yes(much slower)

空间好友新浪微博献花(0)医学数据库百科举报/认领发表类似文章更多circR2Disease:疾病相关的环状RNA数据库circR2Disease:疾病相关的环状RNA数据库

SRAMP()是最早的一个用来预测m6A位点的数据库,发表于2016年,由于是最早的也是很好用的,目前这个数据库的被引次数已经到了56次,说明还是预测的结果还是挺准确的和上面说的一样,这个数据库知识需要我们输入相关的序列即可。

m6A在线预测网站——SRAMP 点击 Pr来自百度文库diction 按钮 选择预测的模型 左边的 Full transcript mode 在对编码和非编码RNA进行预测时,建议使用此模式。注意,在该模式中,应使用完整转录物(具有内含子)而不是成熟mRNA / cDNA序列的基因组序列。而对于没有完整基因组序列的用户来说,可以选择右侧的 Mature mRNA mode ,这种预测模式是一种备选解决方案,相对来说预测的准确性不如左边的,该模型适用于成熟mRNA(cDNA)序列,不能预测内含子中的m6A位点。 Baidu 由 百度智能云 提供计算服务 使用百度前必读文库协议网站地图百度营销

SRAMP:哺乳动物m6A修饰位点数据库 全文 导语 N 6-甲基腺苷(m 6 A)是转录后甲基化修饰,广泛存在于RNA转录本的腺苷碱基上。这种修饰物参与RNA转录物的降解,亚细胞定位,剪接和局部变化的调节。在哺乳动物转录组中,仅这类基序的一小部分确实被修饰,决定m 6 A修饰位点的其他序列和结构特征。随着表观遗传学研究的不断深入,研究人员陆续定位了哺乳动物转录组中的 m6A,鉴定了具有动态修饰的「readersLeabharlann Baidu、「writers」和「erasers」蛋白,解析了 m6A 在转录后调控中的一些功能。 Baidu 由 百度智能云 提供计算服务 使用百度前必读文库协

今天所要汇总介绍的就是DNA甲基化数据库话不多说,来看看甲基化数据库有哪些吧!

Predictors for RNA N6-methyladenosine (m6A) modification site SRAMP A sequence-based N6-methyladenosine (m6A) modification site predictor Upgraded version:deepSRAMP A sequence-based m6A site predictor by a combined deep learning framework

然而大多数现有表观转录组数据库,例如:MET-DB和RMBase,仅通过简单的搜索RRACH模体(motif)进行预测,该方法不能区分随机发生的RRACH模体和位于附近真实含m6A的模体,即位于m6A峰内的所有RRACH模体将被报告为m6A的一个位点,从而影响预1用谷歌浏览器打开WHISTLE,网址:

SRAMP(sequence-based RNA adenosine methylation site predictor)是预测哺乳动物m6A修饰位点的数据库SRAMP数据库是由北京大学基础医学院崔庆华教授课题组开发,这项工作同样也是发表在《Nucleic Acids Research》,目前被引用次数超过120次。

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