利用DNA条码标记细胞色素氧化酶亚基I(COI)对229条鱼样品进行DNA测序,发现27个多态性位点定义了9个单倍型Eagle2是一款单倍型分析软件,相比shapeit, 其运行速度提高了20倍左右,准确率也增加了10%,官网如下单倍型比较工具 彼得·克鲁斯(Peter Krusche) 这是一组基于的程序,用于根据金标准真相数据集对变体调用进行基准测试

在单倍型分析中,当有新的遗传信息(如新发现的遗传标记)加入时,可以利用贝叶斯定理更新某一单倍型出现的概率估计。常用的方法包括基于单倍型的回归分析、基于单倍型的病例 - 对照研究等在细胞分裂过程中,DNA 会以半保留复制的方式进行复制,产生的新 DNA 分子与原 DNA 分子具有相同的遗传信息

文章首先针对5个水稻耐盐相关自然变异基因开发了经济高效的基因内分子标记:(1)利用39份具有参考基因组的水稻种质提取了耐盐相关基因的基因全长,开展了多序列比对,并鉴定了所有可能的变异位点;(2)利用4726份重测序的水对于2个萌发期耐盐相关基因, OsPAO3的优异等位基因存在于少数籼稻中; OsHAK21的优异单倍型HapA主要分布于粳稻中,其另外的优异单倍型HapF-2和HapJ存在于少数籼稻中

第一部分单倍型标记的分子遗传学基础2第二部分Y染色体单倍型标记在父系鉴定中的应用5第三部分线粒体DNA单倍型标记在母系鉴定中的作用7第四部分,染色体单倍型标记在亲子鉴定中的意义10第五部分单倍型标记与常染色体标记

第一部分单倍型标记概述2第二部分单倍型标记在法医学中的应用3第三部分Y染色体单倍群标记在失踪人员识别7第四部分线粒体单倍群标记在未知身份遗骸鉴定9第五部分单倍型标记在亲子鉴定12第六部分单倍型标记在个体化身份识别1

本发明通过直接测序、PCR-RFLP、单倍型构建及关联分析的方法得到与鸭生长性状相关的分子标记,为鸭的分子标记辅助选择提供了4个新的SNPs分子标记及1个单倍型分子标记。提取待测样本的鸭基因组DNA,针对鸭POU1F1基因的第2内含子、第5内含子和3’端共设计3对引物(见实施例1),用序列表SEQ ID NO:4-9所示的特异性引物扩增分别得到337bp、433bp和347bp的片段,目的片段经回收后直接测序,比

单倍型分析及分子标记开发盛碧涵;刘兵;陈秀兰;朱治佳;谭云夫;李文滨;赵雪;韩英鹏开通知网号rhg1和Rhg4是抗大豆胞囊线虫病种质所具有的主要的抗性基因,利用与rhg1和Rhg4位点紧密连锁的SSR标记和SNP标记对15份抗感病大豆种质进行基因分型。结果表明:rhg1位点连锁SSR标记Satt309 在Rhg4位点标记引物SHMT的PCR产物上2 749 bp位置存在胞嘧啶和鸟嘌呤(C/G)突变,感病等位为C碱基,抗病等位为G碱基。rhg1和Rhg4位点内SNP对抗病种质的检出率分别为7778%和100%。利用高分辨率溶解曲线法设计rhg1和Rhg4位点SNP标记,在扫描温度为65℃起始,60℃保持,94℃终

该论文利用水稻重测序种质资源对五个耐盐相关自然变异基因进行了单倍型分析,并开发了经济高效的基因内分子标记。8月30日,山东省农业科学院湿地农业与生态研究所水稻分子设计育种团队在Frontiers in Plant Science (IF=56)上发表了题为“Haplotype analysis and marker development of five salt-tolerant–related genes in rice (Oryza sativa L)

中国大豆种质抗SCN基因rhg1位点SSR标记等位变异特点分析3 练云;李海朝;李金英;周扬;王仕伟;张辉;雷晨芳;武永康;张晶鹏;卢为国;[J];植物遗传资源学报;2021年02期乌兹别克斯坦引进棉花种质资源抗旱性比较及相关分子标记筛选6 高慕娟;宋雯雯;韩雪;王继安;[J];东北农业大学学报;2012年04期

基于本发明的InDel分子标记设计引物,只需要简单的PCR特异性扩增,即可区分小麦单倍型,完成高千粒重小麦的鉴定,便于检测和筛选具有高千粒重的小麦品种或品系,可大大加快小麦高千粒重品种的选育进程。本发明以332个六倍体小麦品种为研究对象,进行多态性分析,发现Hap2相较于Hap1,存在1个InDel:‑475bp含有67bp碱基缺失,命名为InDel‑541/‑475,缺失的核苷酸序列具体如SEQ ID NO1所示